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En plus des commissions permanentes, le Bundestag peut et doit instituer un certain nombre d'autres commissions et organes qui se distinguent clairement des commissions permanentes de par leur composition, leurs tâches et leur méthode de travail. Selon l'art. 44 de la Loi fondamentale, le Bundestag a le droit d'instituer une commission d'enquête. Sur demande d'un quart de ses membres, il a le devoir de le faire. Il s'agit là d'un droit minoritaire particulièrement important auquel a recours en particulier l'opposition pour éclaircir des allégations de mauvaise gestion du gouvernement ou de l'administration ou des bavures imputées aux politiques. La motion doit donner une description précise de l'objet de l'enquête. Lorsque le Bundestag décide d'instituer une commission d'enquête, il fixe également le nombre des membres de celle-ci. En règle générale, le nombre de membres est relativement restreint: entre 5 et 7 députés. Les commissions d'enquête peuvent entendre des témoins et leur faire prêter serment, demander la production de dossiers et documents et donner aux fonctionnaires l'autorisation de témoigner. Le gouvernement fédéral peut seulement refuser d'accorder cette autorisation ou de produire des documents s'il estime que cela risque de nuire aux intérêts de la Fédération ou à un de ses Länder ou risque de menacer sérieusement ou de compliquer l'accomplissement des tâches des autorités publiques. Par principe les commissions d'enquête sont publiques. Le résultat de l'enquête de la commission est résumé dans un rapport qu'elles soumettent à l'assemblée plénière. Lorsqu'il existe des divergences sur les résultats de l'enquête entre la majorité et l'opposition, le rapport contient un exposé des motifs de la majorité et de la minorité. Plus important encore que le rapport, qui paraît quelques temps après les délibérations, est l'impact sur l'opinion publique des séances publiques. Au cours de la 13_ème_ législature, deux commissions d'enquête avaient été instituées: -.- Première commission d'enquête "Plutonium" a été chargée du trafic illégal de plutonium en août 1994 à Munich. -.- Deuxième commission d'enquête"patrimoine en RDA" qui s'est occupé du sort des entreprises publiques de l'ex-RDA avant le tournant de 1989, en particulier de la question de savoir si les entreprises et le département de <Coordination commerciale> ont collaboré avec la division <Service secret> du ministère de la Sécurité d'Etat et si des fonds y ont été transférés.

Il convient de distinguer les commissions d'enquête décrites ci-dessus des commissions d'étude ad hoc. Alors que les premières se composent entièrement de membres du Bundestag et sont chargées d'enquêter sur des affaires publiques, les commissions d'étude ad hoc se composent à la fois de membres du Bundestag et d'experts. Elles ont pour tâche de réunir des informations détaillées et pertinentes sur un thème donné et de préparer ainsi les décisions législatives sur des questions complexes et importantes. Au sein de cette commission, les experts jouissent des mêmes droits que les députés. A la différence des rapports soumis des commissions d'enquête, les rapports des commissions d'étude ad hoc ne se terminent pas par une recommandation de décision adressée à l'assemblée plénière. Si le Bundestag veut prendre une décision, les propositions formulées dans le rapport d'une commission d'étude ad hoc doivent être suivies par le Parlement ou le gouvernement fédéral et être présentées au Bundestag sous forme de projet/proposition de loi ou de motion. Les commissions d'étude ad hoc sont, à côté des auditions, un instrument supplémentaire pour le Bundestag de recourir à l'expertise externe. Ceci n'affecte pas le droit du gouvernement fédéral d'instituer ses propres commissions d'experts, comme elle a pu le faire par le passé au sujet de la loi sur les partis ou de la loi électorale. Au cours de la 13ème législature passée, ont été instituées les cinq commissions d'étude ad hoc suivantes: -.- Protection de l'homme et de l'environnement 12 membres et 12 experts) -.- Analyse des conséquences de la dictature du SED dans le processus de l'unité allemande (12 membres et 12 experts) -.- Mutation démographique (12 membres et 12 experts) -.- Avenir des médias dans l'économie et la société – l'Allemagne sur la voie d'une société d'information (11 membres et 11 experts). -.- Sectes et groupes psychoendoctrineurs (24 membres et 11 experts) L'art. 94 dispose que les membres de la Cour constitutionnelle fédérale sont élus par moitié par le Bundestag et le Bundesrat. Contrairement au Bundesrat, le Bundestag n'élit pas ces juges directement. Il institue à cet effet une commission des électeurs. Conformément à la loi sur la Cour constitutionnelle fédérale, le Bundestag élit parmi ses membres au scrutin proportionnel les 12 membres de cette commission. Après cette élection, la composition de la commission ne peut pas être modifiée par les groupes parlementaires, ce qui permet d'exclure dans un vote si important les changements de majorité au cas par cas. Les juges de la Cour constitutionnelle fédérale sont élus à la majorité des deux tiers de la commission des électeurs, c'est-à-dire huit voix. Cette majorité des deux tiers ne peut être atteinte en règle générale qu'avec les voix de l'opposition. Ceci garantit à l'opposition une influence considérable sur le choix des candidats. Les huit autres juges de la Cour constitutionnelle fédérale sont élus également à la majorité des deux tiers par l'assemblée plénière du Bundesrat.

Conformément à la loi sur le contrôle parlementaire de l'activité de la Fédération dans le domaine des renseignements, l'organe de contrôle parlementaire est responsable du contrôle des services de renseignement de la Fédération. Le Bundestag décide lui même du nombre de membres, de la composition et des méthodes de travail de cet organe. Il se compose de neuf députés. Il peut demander au gouvernement fédéral de lui soumettre des informations détaillées sur les activités générales des services de renseignement de la Fédération et sur les affaires revêtant une importance particulière. (Le gouvernement fédéral est également tenu d'autoriser la consultation des dossiers et l'audition de collaborateurs ainsi que des visites d'inspection auprès des services.) L'organe de contrôle parlementaire poursuit son activité au terme de la législature jusqu'à l'institution d'un organe de contrôle parlementaire par le Bundestag nouvellement élu.

Outre le contrôle des services de renseignement, une mission de contrôle est impartie à l'organe de contrôle parlementaire en vertu de la loi sur les restrictions pouvant être apportées au secret de la correspondance, de la poste et des télécommunications (loi relative à l'art. 10 de la Loi fondamentale). C'est ainsi qu'il constitue pour la durée de la législature, après avoir entendu le gouvernement fédéral, la "commission G 10" dont les membres ne sont pas nécessairement membres du Bundestag. Les services de renseignement ne peuvent restreindre le secret de la correspondance, de la poste et des télécommunications que dans les conditions définies à l'art. 10 de la Loi fondamentale. Les mesures à cet effet ne peuvent être prises que par un ministre fédéral mandaté par le chancelier fédéral. Chaque mois, le ministre est tenu d'informer la commission G-10 des mesures de restrictions envisagées et ce avant leur mise en oeuvre; la commission décide de leur nécessité et de leur recevabilité. Si la commission déclare qu'une mesure n'est ni nécessaire ni recevable, celle-ci doit être révoquée sans délai, sauf mise en oeuvre immédiate dans le cas d'un danger imminent. La commission se substitue dans ce cas au contrôle judiciaire, ces mesures étant exclues de la protection judiciaire générale. Le Ministre fédéral compétent est tenu d'informer également l'organe de contrôle parlementaire, à intervalles assez longs, mais au moins tous les six mois, des mesures restrictives ayant été prises.

Le même problème se pose concernant l'office de criminalité douanière habilité en vertu de la Loi sur le commerce extérieur et de la Loi sur le contrôle des armes de guerre à suspendre le secret des postes et télécommunications dans des cas particuliers – à la demande toutefois d'un tribunal régional. Afin d'assurer le contrôle parlementaire dans ces cas également, l'art. 41, par. 5 de la Loi sur le commerce extérieur stipule la création d'un organe composé de neuf membres du Bundestag, auquel le ministre doit rendre compte de toute interférence avec le droit fondamental du secret énoncé à l'art. 10 de la Loi fondamentale. En vue de la lutte contre le crime organisé, une modification de l'art. 13 de la Loi fondamentale autorisé désormais le recours à des moyens techniques en vue de la surveillance acoustique de logements aux fins de la poursuite judiciaire.