Mit der Neuordnung des Gesetzes sollen entsprechende EU-Vorgaben zur Freisetzung von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) in nationales Recht umgesetzt werden. Es handelt sich dabei vor allem um Verfahrensvorschriften.

Verbraucherschutzministerin Renate Künast (Bündnis 90/Die Grünen) verteidigte in der Debatte das Gesetz und kritisierte scharf die ablehnende Haltung der Opposition. Diese schere sich nicht um 70 Prozent der Bevölkerung, die genveränderte Nahrungsmittel ablehne. Die Verbraucher seien für die Opposition Teil eines großen Experiments, und die geforderte Ordnung der Freiheit die "reinste Anarchie".

Für den Sozialdemokraten René Röspel ist das neue Gesetz ein Ergebnis der Abwägung zwischen der Forschungsfreiheit und möglichen Risiken. Man dürfe die potenziell durch Auskreuzungen geschädigten Landwirte nicht im Regen stehen lassen. Daher seien die Haftungsvorschriften nötig. Diesen Punkt bezeichnete Maria Flachsbarth (CDU/CSU) als das Hauptproblem. Die vorgesehenen Vorschriften seien überzogen. Damit werde die tatsächliche Koexistenz verhindert.

Christel Happach-Kasan von der FDP forderte eine präzisere Definition des Inverkehrbringens und kritisierte die Haftungsregelung. Sie bezog sich dabei auch auf Änderungsanträge ihrer Fraktion zum Gesetz ( 15/5136, 15/5138). In einem weiteren Änderungsantrag ( 15/5138) spricht sich die FDP gegen die Einrichtung von Standortregistern in den Ländern aus. Dies bedeute zusätzliche Bürokratie. Ein zentrales Bundesregister sei ausreichend. Ein vierter Änderungsantrag der Liberalen ( 15/5139) richtet sich gegen das Recht, wonach die zuständigen Naturschutzbehörden Anbau und Freisetzung von gentechnisch veränderten Organismen in besonders geschützten Gebieten untersagen können.

In den vorangegangenen Ausschussberatungen konnte sich die Unionsfraktion mit ihrem Antrag ( 15/4828), "das Gentechnikgesetz wettbewerbsfähig zu vervollständigen", am 16. März nicht durchsetzen. Die SPD äußerte dabei die Hoffnung, dass das Gesetz möglichst rasch in Kraft treten werde, schließlich habe man die Änderungen "wochenlang" beraten und sei den Bundesländern in wesentlichen Punkten entgegengekommen. Dazu zähle etwa die veränderte Regelung bei den Standortregistern, die Informationen über den Anbau von GVOs erfassen. Mit einer Trennung in einen öffentlichen und einen nichtöffentlichen Teil wolle man den Berechtigten einen leichten Informationszugang zu den Registern erhalten, andererseits aber auch den Bedenken der Genehmigungsinhaber oder Anbauenden Rechnung tragen. Allgemein zugänglich soll der Name der Gemeinde mit Postleitzahl und Gemarkung der Anbaufläche für GVOs bleiben; einen Anspruch auf die Auskunft über die Namen der Anbauenden sollten aber nur die Landesbehörden haben. "Komplizierter und bürokratischer" nannten die Bündnisgrünen die neue Verfahrensregelung. Sie bedauerten, dass man sich im Wege einer Einigung mit dem Bundesrat von einer EU-konformeren Regelung verabschiedet habe. Als geklärt betrachten sie die Sachlage beim ungenehmigten Inverkehrbringen von GVOs nach einem Briefwechsel mit der EU-Kommission. Dabei handele es sich um Material von "zufälligen Auskreuzungen" bei Pflanzen aus konventionellem oder ökologischem und GVO-Anbau. Darin schreibe die EU vor, eine ungenehmigte Freisetzung eines gentechnisch veränderten Organismus oder ein ungenehmigtes Inverkehrbringen eines Produktes, das GVOs enthält, zu beenden. Ein Regierungsvertreter sagte mit Blick auf die Verschärfung in der Novelle, dass der den Behörden mit dem ersten Gentechnikgesetz zugestandene Ermessensspielraum so nicht hätte eingeräumt werden dürfen.

Die FDP teilte nicht die Einschätzung, dass es sich dabei um eine EU-Frage handelt. Die Liberalen bezeichneten Auskreuzungen als einen "normalen, natürlichen Vorgang". Sie kritisierten, dass die von den Koalitionsfraktionen beantragten Änderungen an dem Vorhaben aus einem schlechten noch kein gutes Gesetz machten und bemängelten, der Geist der Richtlinie sei nicht erfasst worden. Nach den Worten der Union werden mit dem Gesetz zwar einige Schritte in die "richtige Richtung" unternommen; dies reiche aber nicht aus. Sie vermisse die vollständige Umsetzung einer von Verbraucherschutzministerin Künast im Bundesrat vertretenen 6-Punkte-Liste zu dem Thema. Außerdem sah die Fraktion Klärungsbedarf bei Fragen zum Erprobungsanbau sowie zur Haftung und forderte einen umfassenden Erprobungsanbau, damit sich die Bevölkerung ein Bild über die Grüne Gentechnik machen könne.