Der "Ausschuss für die Angelegenheiten der Europäischen Union" ist der zentrale Ort der europapolitischen Entscheidungen im Bundestag. Er ist zuständig für Grundsatzfragen der europäischen Integration, der EU-Erweiterung und der Zusammenarbeit zwischen dem Europäischen Parlament und den nationalen Parlamenten. Seine Einsetzung in jeder Legislaturperiode schreibt das Grundgesetz zwingend vor. Eine Besonderheit des Ausschusses ist, dass ihm auch 16 deutsche Mitglieder des Europäischen Parlaments angehören. Sie sind nicht stimmberechtigt, können sich aber an den Beratungen beteiligen und Anträge einreichen.
Nachdem mehrere Klagen gegen den Lissabon-Vertrag erhoben worden waren, bestätigte das Bundesverfassungsgericht in seinem Urteil vom 30. Juni 2009 die grundsätzliche Vereinbarkeit des EU-Vertrages mit dem Grundgesetz. Die Mitspracherechte von Bundestag und Bundesrat in den Angelegenheiten der EU wurden nach Ansicht der Karlsruher Richter allerdings nicht ausreichend berücksichtigt. Aus diesem Grund musste der Bundestag die entsprechenden Begleitgesetze während der Sommerpause in Sondersitzungen überarbeiten, bevor sie im September 2009 mit einer breiten Mehrheit verabschiedet wurden.
Die Rolle des deutschen Parlaments gegenüber der EU und das Verhältnis zwischen der Bundesregierung und dem Bundestag in EU-Fragen regeln die vier Begleitgesetze zum Vertrag von Lissabon. So stärkt das sogenannte Integrationsverantwortungsgesetz die Mitspracherechte des Bundestages und des Bundesrates in den Angelegenheiten der EU. Das Gesetz über die Zusammenarbeit von Bundesregierung und Bundestag in Angelegenheiten der EU (EUZBBG) führt die Pflicht der Bundesregierung aus, den Bundestag über europäische Vorhaben zu unterrichten. Auch die Bundesländer müssen aufgrund eines eigenen Gesetzes (EUZBLG) von der Regierung frühzeitig über europäische Vorhaben informiert werden, die für die Länder von Interesse sein könnten. Zum Begleitgesetzpaket gehört außerdem ein Gesetz zur Umsetzung der notwendigen Grundgesetzänderung.
Das sogenannte Zusammenarbeitsgesetz (EUZBBG) konkretisiert nicht nur die Unterrichtungspflichten der Bundesregierung gegenüber dem Bundestag, sondern auch das Recht des Parlaments, Stellungnahmen zu europäischen Vorhaben abzugeben. Gibt der Bundestag eine Stellungnahme ab, legt die Bundesregierung diese laut Gesetz "ihren Verhandlungen zugrunde". Sie hat zwar die Möglichkeit, aus außen- oder integrationspolitischen Gründen davon abzuweichen, muss dies aber gegebenenfalls in einer Plenardebatte begründen.
Subsidiarität bedeutet grundsätzlich, dass staatliche Eingriffe einer höheren Ebene nur dann erfolgen, wenn die jeweils niedrigere Ebene nicht in der Lage ist, die erforderliche Leistung zu erbringen. Für die EU bedeutet das: Sie darf nur handeln, wenn die Ziele von den Mitgliedstaaten weder auf zentraler noch auf regionaler oder lokaler Ebene ausreichend verwirklicht werden können. Die Kontrolle des Subsidiaritätsprinzips durch die nationalen Parlamente besteht aus zwei Komponenten: Die sogenannte Subsidiaritätsrüge besagt, dass ein Drittel der Parlamente der Mitgliedstaaten die Kommission zwingen kann, ihre Gesetzentwürfe noch einmal zu überprüfen. Die sogenannte Subsidiaritätsklage berechtigt die nationalen Parlamente, vor dem Europäischen Gerichtshof zu klagen, wenn die EU ihrer Ansicht nach gegen das Subsidiaritätsprinzip verstoßen hat. Für den Bundestag ist dieses Recht als Minderheitenrecht ausgestaltet: Stimmen ein Viertel der Abgeordneten einer Klage zu, muss der Bundestag klagen. Auch der Bundesrat kann klagen.
Das Verbindungsbüro des Bundestages bei der Europäischen Union in Straßburg, das zum Europareferat des Bundestages gehört, informiert die Abgeordneten, Ausschüsse und Fraktionen frühzeitig über aktuelle politische Entwicklungen innerhalb der EU-Institutionen. Das Verbindungsbüro dient der "Frühwarnung", damit der Bundestag rechtzeitig seine Mitwirkungs- und Kontrollrechte bei der europäischen Gesetzgebung gegenüber der Bundesregierung wahrnehmen kann. Zudem übermittelt das Büro zu Beginn jeder Sitzungswoche des Bundestages einen "Bericht aus Brüssel". Dieser informiert über aktuelle Beratungen und Beschlüsse der EU sowie über Veranstaltungen und Konferenzen in Brüssel.