So bezeichnete Professor Peter M. Huber von der Ludwig-Maximilians-Universität München die Vorlage als "großen Schritt in die richtige Richtung". Der "gordische Knoten" sei zu einem Teil entwirrt worden. Die Bundesgesetzgebung falle mit dem präsentierten Resultat ein wenig leichter. Die Gewinne wären aber auf Bundes- wie auf Landesebene zu verzeichnen. Die Zuständigkeiten für den Bund seien klarer verteilt als bisher. Gleichzeitig würden den Ländern aber Abweichungsmöglichkeiten gestattet. Dies sei zu begrüßen.
Professor Ferdinand Kirchhof von der Eberhard Karls Universität in Tübingen bezeichnete die vorgesehene Föderalismusreform ebenfalls als gelungen. Er nannte sie einen ersten Schritt, dem ein zweiter, nämlich die Reform der Finanzverfassung, folgen müsse. Die Bundesländer würden seines Erachtens bei dem Dienstrecht, bei der regionalen Wirtschaftsstruktur und bei den Hochschulen profitieren; bei der Bundesebene sei besonders der Umweltschutz hervorzuheben. Wie auch zuvor schon sein Kollege Huber begrüßte Kirchhof die Abschaffung der Rahmengesetzgebung. Das setze der stellenweise "widerborstigen" Kooperation von Bund und Ländern ein Ende.
Professor Hans Meyer von der Berliner Humboldt-Universität hielt den vorliegenden Entwurf insgesamt für eine "vernünftige Lösung". Die Chancen, dass die Änderung des Grundgesetzes Erfolg haben werde, seien hoch, weil in Zeiten Großer Koalitionen die politische Oppositionsrolle auf natürliche Weise erheblich zurückginge. Der Entwurf schweige aber bedauerlicher Weise zu einer Neuordnung der Länder.
Wofür es aber schwer falle, Verständnis aufzubringen, so Meyer, sei die Tatsache, dass man nicht einmal gewillt sei, der nächsten Generation den Weg zu einer sinnvollen Neuordnung zu ebnen und den Artikel 29 des Grundgesetzes (Neugliederung des Bundesgebietes) zu reformieren, dessen Funktion in der derzeitigen Fassung die Neuordnung weitgehend verhindere. Fritz W. Scharpf aus Köln, der Direktor der Max-Planck-Instituts für Gesellschaftsforschung, bezeichnete es als keineswegs sicher, dass durch die vorgesehene Senkung der zustimmungspflichtigen Gesetze auf Bundesratsseite damit auch "mehr Handlungsmöglichkeiten auf Bundesebene" geschaffen würden. Insgesamt zog Scharpf das Fazit, es sei weniger Autonomie für Bund und Länder erreicht worden, als es möglich gewesen wäre.
Professor Christian Pestalozza von der Freien Universität Berlin wandte sich ebenfalls gegen den Vorschlag, dass Landesrecht in bestimmten Fällen gegenüber dem Recht des Bundes Vorrang habe, nur weil es jüngeren Datums sei. Es handele sich hierbei um eine "monströse Regelung". Im Übrigen war Pestalozza nicht grundsätzlich gegen die Verfassungsreform. Eine Vermehrung der Gesetzgebungszuständigkeiten der Länder um den Preis einer Verringerung des Einflusses des Bundesrats auf die Gesetzgebung des Bundes erscheine ihm sinnvoll.
Für zu "optimistisch" hielt Professorin Ursula Münch von der Universität der Bundeswehr in München die Prognosen über das Sinken der Zustimmungsquote. Solange man grundsätzlich an dem Konzept und der Praxis der Verwaltungsverflechtung festhalte, sei ein unkomplizierter und für die Bürger in der Umsetzung nachvollziehbarer Abbau dieser Zustimmungsquote nicht erreichbar. Ähnliches gelte für die Finanzverfassung. Die Reform des Grundgesetzes gehe insgesamt in die richtige Richtung - so lautete das Fazit von Professor Christoph Möllers von der Universität Göttingen. Er war aber der Meinung, der Entwurf erscheine unausgewogen zulasten des Bundes, der Gesetzgebungskompetenzen verliere. Die Zustimmungsbedürftigkeit des Bundesrates sinke nicht spürbar.
Von der Bundesratsseite hatte Alois Glück, der Präsident des Bayerischen Landtages, zuvor deutlich gemacht, das vorliegende Ergebnis der Föderalismuskommission bringe dem Bund einen größeren Handlungsspielraum als den Ländern. Für letztere seien die Grenzen des Machbaren erreicht.