Das Bundesministerium der Justiz kann nach den Vorstellungen der Bundesregierung mit gut 500,49 Millionen Euro an Ausgaben rechnen. Das 13,95 Millionen Euro mehr als in diesem Jahr. In erster Linie verantwortlich dafür sind die Ausgaben für das Personal, die im Jahr 2009 um fast 32,94 Millionen Euro steigen werden und dann nach dem Vorschlag der Regierung insgesamt fast 387,41Millionen Euro betragen sollen.
Die Ausgaben für sächliche Verwaltung sollen im nächsten Jahr 76,31 Millionen Euro betragen. Das ist ein Rückgang gegenüber diesem Jahr um fast 7,72 Millionen Euro. Die Ausgaben für Zuweisungen und Zuschüsse sollen nach den Vorstellungen der Regierung fast 21,4 Millionen Euro betragen, die für Investitionen fast 15,53 Millionen Euro.
Bedingt durch höhere Verwaltungseinnahmen hofft das Justizministerium annähernd 72,45 Millionen Euro der Haben-Seite gutschreiben zu können. Das Bundesamt für Justiz in Bonn hofft, Ordnungsgelder in Höhe von 72,44 Millionen Euro einnehmen zu können, fast 20 Millionen Euro mehr als in diesem Jahr. Nach einer Änderung des Handelsgesetzbuches darf das Bundesamt gegen Kapitalgesellschaften vorgehen, die beispielsweise ihren Jahresabschlussbericht nicht offenlegen oder der Veröffentlichungspflicht für ihre Rechnungslegungsunterlagen nicht nachkommen. Für das Bundesamt für Justiz sind daneben im Jahr 2009 Ausgaben von 41,02 Millionen Euro eingeplant. Das sind 1,51 Millionen Euro mehr als in diesem Jahr.
Beim Deutschen Patent- und Markenamt rechnet die Regierung mit Verwaltungseinnahmen von 265,55 Millionen Euro. Das sind 3,5 Millionen mehr als im laufenden Jahr. An Ausgaben sind 178,31 Millionen Euro eingeplant. Das sind 4,32 Millionen Euro mehr als 2007.
Für den Bundesgerichtshof in Karlsruhe sind 30,57 Millionen Euro eingeplant. Das sind 2,37 Millionen Euro mehr als 2007. Der Generalbundesanwalt beim Bundesgerichtshof soll 21,61 Millionen Euro bekommen. Dem Bundesfinanzhof in München sollen laut Bundesregierung im nächsten Jahr 15,16 Millionen Euro zur Verfügung stehen.