Der Bund wird im kommenden Jahr 4 Milliarden Euro aus Steuergeldern an den Gesundheitsfonds überweisen, der am 1. Januar 2009 an den Start gehen soll. Das ist der Löwenanteil des 4,45 Milliarden Euro (2008: 2,9 Milliarden Euro) umfassenden Gesundheitsetats. Mit den Mitteln sollen Aufwendungen der Krankenkassen für gesamtgesellschaftliche Aufgaben pauschal abgegolten werden. Für diese versicherungsfremden Leistungen - beispielsweise die Kindermitversicherung und das Mutterschaftsgeld - standen im vergangenen Jahr 2,5 Milliarden Euro zur Verfügung. Bis zum Jahr 2016 soll dieser Zuschuss schrittweise auf 14 Milliarden Euro wachsen.
Die Opposition nutzte die Haushaltsdebatte am 18. September zu einer Generalabrechnung mit dem Gesundheitsfonds. Die FDP-Haushälterin Claudia Winterstein sagte, dieser gleiche "einem finanziellen Blindflug". Für die Linksfraktion kritisierte Frank Spieth, Kostensteigerungen müssten künftig einseitig von den Arbeitnehmern und Rentnern geschultert werden, da die Kassen von ihnen Zusatzprämien erheben könnten. Die Unternehmen hingegen müssten frühestens erst wieder im Jahr 2013 mit steigenden Beiträgen rechnen. Für die Grünen prophezeite Birgitt Bender, der Beitragssatz werde im kommenden Jahr auf "ein Allzeithoch" von bis zu 16 Prozent klettern. Die "völlig irrationale Gesundheitspolitik" der Regierung reiße bei der Beitragsbelastung das wieder ein, was mit den Arbeitsmarktreformen mühsam erreicht worden sei.
Bundesgesundheitsministerin Ulla Schmidt (SPD) verteidigte den Fonds und den einheitlichen Beitrag zur gesetzlichen Krankenversicherung. "Es ist gerecht, was wir machen", betonte sie. Der Fonds sorge dafür, dass mehr Geld an die Kassen fließt, die viele alte und kranke Menschen versichern. Der CDU-Gesundheitsexperte Jens Spahn unterstrich, es sei "eine Mär", dass die Einführung des Fonds zu steigenden Beiträgen führe. Wer die gute medizinische Versorgung erhalten wolle, müsse den Menschen auch ehrlich sagen, "dass Gesundheit und damit die Krankenversicherung in Deutschland so oder so teurer werden", so Spahn.
Die Details des eigentlichen Beratungsgegenstandes gingen in der zum Teil hitzigen Debatte fast unter. Für Zuweisungen und Zuschüsse sind im Einzelplan 15 insgesamt 4,1 Milliarden Euro (2008: 2,6 Milliarden Euro) eingeplant. Davon gehen 31,38 Millionen Euro an Einrichtungen der wissenschaftlichen Forschung. Für das internationale Gesundheitswesen, etwa für Beiträge an die Weltgesundheitsorganisation, stellt der Bund 31,19 Millionen Euro zur Verfügung. Zur Bekämpfung der Immunschwächekrankheit Aids gibt es 16,76 Millionen Euro, 1 Million Euro mehr als 2008. Die Bundeszentrale für gesundheitliche Aufklärung kann mit insgesamt 14,95 Millionen Euro haushalten. Der Sachverständigenrat zur Begutachtung der Entwicklung im Gesundheitswesen wird mit 649.000 Euro bedacht. Die Patientenbeauftragte der Bundesregierung erhält 332.000 Euro, die Drogenbeauftrage 292.000 Euro.
Für das Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte (BfArM) sind im Gesundheitshaushalt 66,22 Millionen Euro (2008: 60,63) vorgesehen. An Gebühreneinnahmen bringt das BfArM 48,26 Millionen Euro (41,94) ein. Für das Robert-Koch-Institut (RKI), das für die Verhinderung von Infektionen zuständig ist, sind 96,42 Millionen Euro (55,89) eingeplant. Der deutliche Ausgabenzuwachs entsteht durch den Neubau eines Laborgebäudes in Berlin. Das Paul-Ehrlich-Institut, verantwortlich für die Zulassung von Impfstoffen, erhält 50,76 Millionen Euro (41,61).
Insgesamt sind auf der Einnahmenseite des Schmidt-Ressorts mit 66,16 Millionen Euro gut 7 Millionen Euro mehr verzeichnet als noch 2008. In den Haushalt wurden Verpflichtungsermächtigungen in Höhe von 46,81 Millionen Euro (2008: 135,16) eingestellt. Die Personalausgaben des Einzelplans 15 liegen bei 184,59 Millionen Euro, die Gesamtinvestitionen bei 58,82 Millionen Euro (25,92).