Für 2005 bis 2007 wird danach eine Zielmenge für den Kohlendioxidausstoß von 859 Millionen pro Jahr vorgegeben. Diese teilt sich auf in eine Menge von 503 Millionen Tonnen für die Sektoren Energie und Industrie sowie 298 Millionen Tonnen für die Sektoren Verkehr und Haushalte und 58 Millionen Tonnen für Gewerbe, Handel und Dienstleistungen. Für die Zeit von 2008 bis 2012 wird eine Zielmenge von 844 Millionen Tonnen pro Jahr vorgegeben, die sich auf 495 Millionen Tonnen für Energie und Industrie und 291 Millionen Tonnen für Verkehr und Haushalte sowie 58 Millionen Tonnen für Gewerbe, Handel und Dienstleistungen verteilt.
Im Umweltausschuss hatten die Sozialdemokraten betont, jene Unternehmen würden besonders entlas-tet, die schon eine hohe Emissionsminderung erreicht haben. Durch eine Malus-Regelung werde ein Anreiz zur Modernisierung von Kraftwerken geschaffen. Die Union stellte fest, kritischer Punkt im Blick auf Wettbewerbsverzerrungen zu Lasten deutscher Unternehmen sei die Gesamtmenge. Die Regierung solle in Brüssel einen Vorbehalt geltend machen, wenn sich die deutsche Regelung von der europäischer Mitbewerber bei der Belastung für die Unternehmen unterscheidet. Die Bündnisgrünen sagten, der Zuteilungsplan sei in wichtigen Details verbessert worden. Die FDP bemerkte, kleine und mittlere Unternehmen würden erheblich zusätzlich belastet und Betreiber bestimmter Altanlagen ungerechtfertigt bevorzugt.
Auf Antrag der Koalition nahm der Bundestag eine Entschließung an. Danach sollen vor allem Stahlerzeuger, deren Treibhausgasausstoß aufgrund einer schrittweisen Auslastung der Produktionskapazitäten gestiegen ist oder bei denen die Produktionsübernahme an anderen Standorten zu hohen Mehremissionen geführt hat, bei der Zuteilung der Zertifikate ohne eine "Deckelung" auskommen können, wenn unzumutbare Härten oder deutliche wirtschaftliche Nachteile zu erwarten wären. Abgelehnt hat der Bundestag Entschließungsanträge der Union (15/3238) und der FDP (15/3239). Laut Union sollte die Regierung sicherstellen, dass es zu keinen Wettbewerbsnachteilen gegenüber dem europäischen Ausland kommt. Die FDP verlangte, bestimmte Energieträger, Produktionsanlagen, Standorte oder Marktteilnehmer nicht zu privilegieren oder zu benachteiligen. vom