Der Bundesrat hat zu dem Gesetz zur Änderung eisenbahnrechtlicher Vorschriften den Vermittlungsausschuss mit dem Ziel der grundlegenden Überarbeitung angerufen. Der Bundesrat verlangt, dass die Gewährleistung eines diskriminierungsfreien Zugangs zur öffentlichen Eisenbahninfrastruktur von einer unabhängigen branchenübergreifenden Regulierungsbehörde überwacht werden soll. Der bisherige Vorschlag sieht vor, eine beim Eisenbahn-Bundesamt angesiedelte Trassenagentur mit dieser Aufgabe zu betrauen. Auch sollen bei der zu schaffenden Regulierungsbehörde sämtliche Zuständigkeiten im Bereich der präventiven und repressiven Kontrolle des Zugangs zur Eisenbahninfrastruktur gebündelt werden.
Darüber hinaus fordert der Bundesrat, die Monopolkommission mit der regelmäßigen Erstellung von Gutachten zur Marktbeobachtung im Eisenbahnsektor zu beauftragen.