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Die Ausschüsse des Deutschen Bundestages stehen im Zentrum des Gesetzgebungsverfahrens, so auch bei der Beteiligung des deutschen Parlaments am EU-Recht: Die Bundesregierung leitet dem Bundestag zunächst EU-Vorlagen zu: Vorschläge zu Verordnungen, Richtlinien, Entscheidungen und sonstige Beschlüsse des Rates, Berichte und Mitteilungen der Kommission an den Rat oder Unterrichtungen des Europäischen Parlamentes (EP). Die Vorlage wird im jeweils zuständigen parlamentarischen Ausschuss federführend behandelt, manchmal auch von weiteren Ausschüssen mitberaten. Auf Wunsch muss die Bundesregierung die Ausschüsse über die EU-Vorlage mündlich unterrichten und Rede und Antwort stehen.
Da sich die Beratungsgrundlage des Parlaments und seiner Ausschüsse im komplexen, oft lang andauernden europäischen Gesetzgebungsverfahren ständig ändert, ist die EU-Vorlage gleichsam ein „bewegliches Ziel". Nicht selten beraten und kontrollieren Parlament und Ausschüsse mehrmals, beginnend von der ersten Zuleitung des Ausgangsdokuments bis hin zur Verabschiedung des Rechtsakts in seiner endgültigen Form durch Rat und Europäisches Parlament.
Die Intensität der Beratung von EU-Vorlagen ist unterschiedlich. Wichtige Vorlagen diskutieren die Abgeordneten in den Ausschüssen ausführlich, teilweise mit Beteiligung der zuständigen Regierungsvertreter, gelegentlich auch von Vertretern der EU-Kommission oder Mitgliedern des EP. In der Mehrzahl der Fälle endet das Beratungsverfahren mit einer bloßen Kenntnisnahme, seltener mit einer inhaltlichen Beschlussempfehlung an das Parlament.
Das Plenum des Deutschen Bundestages fasst dann - mit oder ohne Debatte - auf der Grundlage der Beschlussempfehlung des federführenden Ausschusses einen Beschluss (Stellungnahme), den die Bundesregierung in ihren Ratsverhandlungen berücksichtigen muss. Abweichend hiervon hat der Ausschuss für die Angelegenheiten der Europäischen Union (EU-Ausschuss) die Möglichkeit, unter bestimmten Voraussetzungen einen so genannten plenarersetzenden Beschluss (Art 45 GG) zu fassen, der unmittelbar, ohne dass das Plenum befasst wird, der Regierung zur Berücksichtigung zugeleitet wird. Die Beschlussempfehlungen werden zusammen mit den schriftlichen Berichten als Bundestagsdrucksachen veröffentlicht. Über die bloße Kenntnisnahme von EU-Vorlagen oder Unterrichtungen durch das Europäische Parlament informiert ein Vermerk im Plenarprotokoll (Stenografischer Bericht), der sich auf die Angabe des Ausschusses und der Nummer der EU-Vorlage beschränkt.
Die Ausschüsse verzichten zuweilen auf die Abgabe einer förmlichen Stellungnahme (Art 23 Abs. 2 GG) und teilen dem zuständigen Bundesminister stattdessen bloße „Meinungsbilder" mit. Diese fassen den Diskussionsverlauf im Ausschuss zusammen, ohne dass eine förmliche Abstimmung über die Vorlage stattgefunden hätte. Sie besitzen nicht die politische Geltungskraft wie förmliche Stellungnahmen, dienen jedoch der Bundesregierung als Orientierung für ihre Beratungen mit den europäischen Verhandlungspartnern.